Selon le Dr Hamer, la cystite fait suite à la nécessité de marquer son territoire, comme les chiens par exemple. Pour pouvoir le marquer avec plus d'assurance, il est indispensable d'avoir beaucoup d'urines. La solution pour le cerveau est de démonter l'épithélium pavimenteux qui tapisse l'intérieur de la vessie afin d'augmenter sa capacité. Cette phase est indolore et généralement méconnue.Lorsque le stress est terminé, la bascule en réparation se traduit immédiatement par une inflammation et un œdème de la paroi vésicale douloureux. Elle implique par ailleurs la construction d'un échafaudage de glaires collantes sur la paroi interne de la vessie pour permettre aux microzymas de travailler tranquillement. C'est le début de la cystite. Une fois le chantier terminé, ces glaires doivent être démontées et évacuées, et les microzymas construisent pour cela des colibacilles (la plupart du temps). Il y a souvent quelques pertes de sang à ce moment là, parfois un peu de fièvre et des douleurs vives, surtout s'il y a carence en vitamine C. Parfois, la reconstruction de la muqueuse se fait en excès et donne lieu à la formation de polypes.